苏巴什佛寺是西域地区保留至今规模最大、保存最完整、历史最悠久的佛教建筑群遗址。我国历史上三大佛经翻译家中的鸠摩罗什和唐玄奘都曾在该寺讲经说法。公元628年，大唐高僧玄奘西行取经，途经此地，讲经学习两月有余，并在《大唐西域记》中记载：“荒城北四十余里，接山阿，隔一河水，有二伽蓝，同名昭怙厘，而东西随称，佛像庄饰殆越人工”（伽蓝是寺庙的意思）。

1996年11月20日，苏巴什佛寺遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位。2014年，成功列入“丝绸之路：长安－天山廊道的路网”世界文化遗产名录。